微波化學反應器的加熱是將微波作為一種加熱方式，當微波與物質分子相互作用時，產生分子極化、取向、摩擦、碰撞，吸收微波能而產生熱效應，這種加熱方法被稱為微波加熱，當微波化學反應器在實驗室內做萃取反應時，也稱為微波萃取反應器和微波萃取儀，微波加熱是極性物質分子吸收微波后自身發熱，是從分子內部由內向外進行，由于分子級的加熱，可以使物質內外同步加熱。不同的物質吸收微波的能力不同，其加熱的效果各不相同，這主要取決于物質的介質損耗。微波化學反應器適用于快速、、靶向合成化工單體及目標混合物，適用領域涉及中草藥物有效成分的萃取，有機無機化合物、藥物中間體以及納米材料的合成，能源燃料及其新能源產品的開發，處理過程具有化學選擇性高、萃取效率高、有效成分損失率低、產物結晶度高等特點，并且在無機高分子聚合以及金屬納米材料制備過程中，實現了均勻化定徑合成，而且可以有效克服有機物參與下的副反應及其鏈反應等非目標反應等。